Le PRCA est un programme partenarial :
Le ministère de l’Equipement de l’Habitat et de l’Aménagement du Territoire assure le pilotage national du programme. Les municipalités sont les maîtres d’ouvrage des opérations qui seront réalisées dans le cadre du programme.
Deux bailleurs de fonds internationaux co-financent et apportent leur soutien au programme : l’Agence Française de Développement et la Banque Européenne d’Investissement.
La gouvernance globale du Programme de Régénération des Centres Anciens est organisée à l’échelle nationale.
La gouvernance de chaque opération est organisée localement par la municipalité.