Programme trans-sectoriel et partenarial, le PRCA et donc son Appel à Manifestation d’Intérêt sont pilotés par le Comité de Pilotage (COPIL) : présidé par le ministère de l’Equipement de l’Habitat et de l’Aménagement du Territoire, il est principalement composé des représentants des ministères et des agences étatiques concernées.
Il donne les orientations et assure le pilotage stratégique du PRCA avec l’assistance de l’Unité de Suivi de Projet (USP). Il décide pour les principaux choix concernant le programme : son périmètre, ses priorités, son calendrier, son organisation, son animation, l’éligibilité des municipalités à ses financements…
La gouvernance locale de chaque opération de régénération revient aux communes. Les municipalités sont le maître d’ouvrage des opérations de régénération urbaine et les pilotes de leur gouvernance locale. Elles organisent les modalités de décision concernant leur opération d’une manière libre et autonome. Dans le cadre du PRCA, il est recommandé aux municipalités :